ECCO Walkathon 2006 odbył się 23 września na Polu Mokotowskim. Zorganizowano dwie trasy: 6-kilometrową i 10-kilometrową. Tym razem wpierane były następujące akcje:
- pomoc dla wsi Malaspa w Afganistanie (Polska Akcja Humanitarna)
- zakup dla stołecznego pogotowia ratunkowego wyposażenia Karetki R-Contra i wyszkolenia jej załogi (Polskie Towarzystwo Kardiologiczne)
- kupno profesjonalnego sprzętu, który pozwoli zadbać o zwierzęta na przejściach granicznych, od razu po ich uratowaniu z rąk przemytników (WWF)
Spacerowano na poniższych trasach:
- Trasa 6-kilometrowa: Pole Mokotowskie, Biblioteka Narodowa, Pomnik Lotników poległych w Wojnie 1939-1945, Muzeum Geologiczne, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, Szkoła Główna Handlowa, Pole Mokotowskie.
- Trasa 10-kilometrowa: Pole Mokotowskie, Cmentarz Mauzoleum Żołnierzy Radzieckich, Forty Mokotów, Park Dreszera, Skwer O. i A. Małkowskich, Kościół parafialny św. Michała Archanioła, Pałacyk Szustra, Filmoteka Narodowa, Szkoła Główna Handlowa, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, Pole Mokotowskie.
Największym powodzeniem wśród uczestników tej edycji imprezy cieszyła się trasa o długości 10 km. Na jej pokonanie zdecydowało się prawie 5 900 osób. Krótszą z tras, o długości 6 kilometrów, wybrało prawie 4 800 spacerowiczów.